Амударьинский государственный природный заповедник создан в 1982 г. с целью сохранения и восстановления экосистем среднего течения реки Амударьи и прилежащих участков пустыни с совокупностью всех их компонентов, а также разработки научных основ охраны природной среды данного региона.

Заповедник расположен в северо-восточной части Лебапского велаята Туркменистана на территории трех этрапов – Биратинского, Сейдинского и Фарабского, включает отдельные участки. Его площадь – 48,3 тыс. га. В ведении заповедника находится Келифский государственный природный заказник (площадь – 103 тыс. га), который расположен на территории Халачского и Атамуратского этрапов. Он образован в целях охраны одного из самых южных в Туркменистане районов зимовки водно-болотных птиц и всего природного комплекса Келифских озер.

В состав Амударьинского государственного заповедника входят участки акватории реки Амударья, тугаев и пустыни Кызылкумы. Большая часть территории заповедника – равнинно-пустынные экосистемы. Хорошо представлены заросшие и полузаросшие грядово-бугристые пески с кустарниковой растительностью, барханные пески, солончаки. В меньшей степени распространены щебнисто-глинистая пустыня с полукустарничковой растительностью, такыры, останцовые холмы с обнажениями коренных пород, участки избыточно увлажненной поймы с лугово-болотной растительностью. Пойменные экосистемы занимают меньшую часть. Пойменный ландшафт представлен тугаями – галерейными лесами Центральной Азии. Существование и естественное развитие тугайных экосистем тесно связано с гидрологическим режимом реки, периодическими паводковыми затоплениями. Амударьинский государственный природный заповедник является единственным местом сохранения реликтовых тугайных экосистем.

На территории заповедника выявлено 227 видов высших сосудистых растений. Флора тугаев относительно бедна: здесь отмечено всего 86 видов растений, среди которых наиболее типичны только 15 видов. К ним относятся 2 вида тополя – сизолистный и евфратский, туркменский лох, джунгарская ива, гребенщик, чингил серебристый, солодка голая, тростник южный, эриантус Равенского, кендырь шероховатый, прибрежница береговая. Видовым разнообразием отличаются злаки, сложноцветные и гребенщики. Древесно-кустарниковая растительность и крупнотравье тугая образуют трудно проходимые джунгли. В Красный список Международного Союза охраны природы (МСОП) включен тополь сизолистный. На территории заповедника в 2005 году обнаружен папоротник — марсилия египетская, который занесен в Красную книгу Туркменистана.

На участке пустыни Кызылкумы преобладают пустынные типы растительности с типично ксерофитными чертами, много эндемиков. Наряду с грядово-бугристыми песками, поросшими саксаулом и кандымом, встречаются и такыры, а также довольно высокие останцовые холмы. Флора пустынной части заповедника значительно богаче тугайной. Ведущее место по богатству видов занимают маревые, весьма характерные для пустынных районов Центральной Азии. Большим количеством видов представлены также сложноцветные, крестоцветные и бобовые. Основу растительного покрова пустыни слагают саксаул белый, хвойник шишконосный, кандымы, песчаная акация, солянки, а также многочисленные эфемеры.

Животный мир заповедника довольно разнообразен. Фауна беспозвоночных насчитывает не одну сотню видов. Выявлено 80 видов пауков, многие из которых описаны впервые. Среди насекомых наиболее изучены жуки и бабочки. Большую часть фауны насекомых тугаев составляют муравьи и жужелицы. В кронах деревьев многочисленны жуки-долгоносики. В пустыне большим разнообразием видов отличаются жуки-чернотелки, ночные бабочки, сетчатокрылые, муравьи и жужелицы. Из видов, занесенных в Красную книгу Туркменистана, на территории заповедника и Келифского государственного природного заказника встречаются древесный богомол, боливария короткокрылая, жужелица-антия, туранговый бражник, туранговая орденская лента, тугайная голубянка, туранговый коконопряд.

В водах Амударьи, каналов, коллекторов и стариц заповедника обитают 36 вида рыб, некоторые из которых занесены в Красную книгу Туркменистана –большой и малый амударьинские лопатоносы, щуковидный жерех, которые также занесены в Красный список МСОП. В глубоких водах обитает одна из самых больших рыб Амударьи – сом. Значительное число видов – акклиматизированы.

Земноводные в фауне заповедника представлены двумя видами – зеленая жаба и озерная лягушка. Пресмыкающиеся представлены 28 видами, в основном обитающими в пустынной части. Наиболее многочисленны из них среднеазиатская черепаха (занесена в Красный список МСОП), степная агама, песчаная круглоголовка, сетчатая ящурка, стрела-змея. На территории заповедника обитают сетчатая круглоголовка и гюрза, занесенные в Красную книгу Туркменистана.

В различные сезоны года на территории заповедника обитает около 265 видов птиц. Такое многообразие обусловлено месторасположением заповедника на путях сезонных миграций большинства перелетных птиц, 105 видов гнездятся на территории заповедника. Один из видов, постоянно обитающих на территории заповедника – амударьинский фазан. В тугаях часто можно встретить бухарскую синицу, белокрылого дятла. В пустыне обитают жаворонок, каменка, чернобрюхие рябки. На обрывах гнездятся сизый голубь, зеленая щурка, сизоворонка, удод. У водоемов встречаются серая и рыжая цапли, зимородок, различные виды куликов. Из гнездящихся видов в Красную книгу Туркменистана занесены беркут, змееяд, балобан, степная пустельга, мраморный чирок, дрофа-красотка, бурый голубь, из пролетных и зимующих – розовый и кудрявый пеликаны, колпица, скопа, могильник, орлан-долгохвост, черный гриф. В Красный список МСОП внесены гнездящиеся степная пустельга и мраморный чирок, останавливающиеся на пролете и зимовке кудрявый пеликан, малый баклан, могильник, черный гриф, орлан-долгохвост, орлан-белохвост.

Млекопитающие представлены 44 видами, из них 4 – насекомоядные, 5 – рукокрылые, 1 – зайцеобразные, 18 – грызуны, 13 – хищные и 3 – копытные.

Из насекомоядных млекопитающих обычны ушастый еж, обитающая в тугаях малая белозубка и житель пустынь пегий путорак. Численность рукокрылых невысока. На территории заповедника отмечена рыжая вечерница – мигрирующая летучая мышь, которая занесена в Красную книгу Туркменистана. Широко распространен заяц-толай. Из грызунов по численности преобладают песчанки и домовая мышь. Обычны также пустынные обитатели – тонкопалый суслик и мохноногий тушканчик.

На территории заповедника обитает тушканчик Бобринского, занесенный в Красную книгу Туркменистана. Встречаются акклиматизированные виды – нутрия и ондатра. Из хищных млекопитающих довольно типичны шакал, лисица, барсук, степная кошка, перевязка, встречаются занесенные в Красную книгу Туркменистана каракал и выдра. В Красный список МСОП внесены корсак, барханный кот и среднеазиатская выдра.

Из копытных в тугаях обитают кабан и тугайный олень, в пустыне – джейран. Последние 2 вида занесены в Красную книгу Туркменистана и в Красный список МСОП.

При создании заповедника ему была передана территория, частично нарушенная под влиянием антропогенных факторов. В результате соблюдения заповедного режима практически восстановлено естественное состояние природных экосистем, увеличилась численность животных и растений, в том числе редких. Границы заповедника и заказника отмечены информационными и противопожарными аншлагами. На особо охраняемых природных территориях и в их окрестностях действует инспекторская служба. На участках построены кордоны и противопожарные вышки. Ежегодно проводится расчистка противопожарных дорог и полос.

На территории заповедника, Келифского государственного природного заказника и в Среднеамударьинском районе – регионе компетенции заповедника на постоянной основе проводится научно-исследовательская работа. В заповеднике и Среднеамударьинском районе проведена инвентаризация позвоночных животных и высших сосудистых растений, частично – пауков и некоторых групп насекомых. Ежегодно проводится мониторинг за компонентами экосистем заповедника и Среднеамударьинского района, непрерывно ведется «Летопись природы».

Постоянно открыт для посетителей музей заповедника. Здесь в вольерах можно увидеть представителей местной фауны – тугайных оленей, джейранов, зайцев, фазанов, серых гусей.

В центральной усадьбе заповедника работает библиотека с богатым подбором литературы по экологии, с участием детей проводятся различные природоохранные мероприятия и акции, занятия и экскурсии. Сотрудники заповедника готовят и выпускают листовки, буклеты, брошюры по природоохранной тематике. Научно-популярные статьи сотрудников заповедника публикуются в газетах и журналах. По телевидению демонстрируются фильмы о заповеднике.

В настоящее время перед заповедником стоят вопросы, требующие планомерных научных исследований: оценка состояния почв; изучение геоморфологических процессов; продолжение инвентаризации флоры; выяснение состояния растительности; сукцессионные изменения; проведение геоботанических описаний; продолжение инвентаризации фауны беспозвоночных животных; выяснение их численности; определение состояния ихтиофауны аборигенных видов рыб ввиду возрастающего количества акклиматизированных и случайно занесенных чужеродных видов; определение численности беспозвоночных, земноводных, пресмыкающихся, птиц и млекопитающих.

Амударьинский заповедник является региональным природоохранным, научным и пропагандистским центром. Для перспективного развития региона большое значение имеет существование заповедника как резервата, сохраняющего биоразнообразие региона, места размножения промысловых видов животных, как центра развития научного и экологического туризма.